Ph.d.-programmerne under Ph.d.-skolen i Humanistisk Videnskab er etableret i tilknytning til forskerskoler på fakultetet og samarbejder desuden med landsdækkende forskerskoler.

Forskerskoler forankret ved Det Humanistiske Fakultet, Aarhus Universitet 

• Akademiet for Æstetikfaglig forskeruddannelse - Forskerskole i Kultur, Litteratur og Kunstfag
• Dansk Arkæologisk Forskerskole
• Danmarks Forskerskole for Historie
• Sprogvidenskabelig Forskerskole Nord
• Den Danske Forskerskole i Antropologi og Etnografi (The Danish Research School of Anthropology and Ethnography)

Forskerskolesamarbejder 

• Den Nationale Forskerskolen i Medier, Kommunikation og Journalistik
• Dansk Forskerskole i Filosofi, Idé- og Videnskabshistorie
• The International Graduate School in Language and Communication
• Georg Brandes Skolen - Danske Studier i Litteratur og Kultur
• Basis Research in Computer Science (BRICS)
• Forskerskole for Regionale Studier

Akademiet for Æstetikfaglig forskeruddannelse - Forskerskole i Kultur, Litteratur og Kunstfag samarbejder med følgende:

• Arkitektskolens forskerskole ved Arkitektskolen i Århus
• Forskerskolen i Kultur, Litteratur og Kunstfag
• Kunstakademiets Arkitektskole i København
• Det Kongelige Danske Kunstakademi, Billedskolerne, København